Descrição
Apostila USP 2024 Especialista Laboratório Bioinformática
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Conteúdo Programático
Conhecimentos Básicos
(Totalmente de Acordo com Edital 2024)
LÍNGUA PORTUGUESA: Interpretação e compreensão de variados tipos de texto; marcas de textualidade (coesão, coerência e intertextualidade); reconhecimento de tipos e gêneros textuais; reescrita de textos de diferentes gêneros e níveis de formalidade; emprego de elementos de referenciação, substituição e repetição, de conectores e de outros elementos de sequenciação textual; tipos textuais: características específicas de cada tipo; textos literários e não literários; estrutura da frase (operações de deslocamento, substituição, modificação e correção); registros de linguagem; funções da linguagem; elementos dos atos de comunicação; estrutura e formação de palavras; formas de abreviação; classes de palavras; aspectos morfológicos, sintáticos, semânticos e textuais de substantivos, adjetivos, artigos, numerais, pronomes, verbos, advérbios, conjunções e interjeições; concordância e regência nominal e verbal; modalizadores; semântica (sentido próprio e figurado); antônimos, sinônimos, parônimos e hiperônimos; figuras de linguagem; polissemia e ambiguidade; vocabulário (neologismos, arcaísmos, estrangeirismos, latinismos e expressões idiomáticas); ortografia e acentuação; pontuação.
INGLÊS: Gramática da língua inglesa: artigos definidos e indefinidos; tempos e modos verbais; preposições; conjunções; pronomes; advérbios; verbos modais; expressões idiomáticas e locuções verbais; comparação; concordância nominal e verbal; formação e classe de palavras; sinonímia e antonímia; relações de subordinação e coordenação; voz ativa e passiva; discurso direto e indireto. Leitura e compreensão de tipos textuais diversos: reconhecimento de informações específicas; capacidade de análise e síntese; inferência; reconhecimento de cognatos e falsos cognatos; significação literal e contextual dos vocábulos e expressões; figuras de linguagem; elementos de coesão e coerência; formação de frases interrogativas e negativas, formulação de pedidos, propostas e sugestões, reescrita e substituição de palavras ou de trechos de texto, reorganização da estrutura de orações e de períodos do texto; reescrita de textos de diferentes gêneros e níveis de formalidade.
CONHECIMENTOS GERAIS E ATUALIDADES: Espera-se que os(as) candidatos(as) tenham bom conhecimento em língua portuguesa, que será cobrado através de interpretação e análise crítica de textos de diferentes formatos e com temáticas variadas. Espera-se também que os(as) candidatos(as) estejam bem informados(as) e situados(as) quanto aos acontecimentos nacionais e internacionais. Para tanto serão cobradas informações e análises de eventos recentes que impactaram o Brasil e o mundo, bem como conhecimentos gerais que abordem, mas não se limitem aos seguintes temas:- Política e economia: noções básicas de economia interna e internacional; situação política nacional e internacional. – Cultura e sociedade: arte e cultura no Brasil e no mundo; características das sociedades nacionais e relações contemporâneas; desenvolvimento científico e tecnológico mundial; meio ambiente; povos originários; mudanças climáticas; direitos humanos no Brasil e no mundo.
CONHECIMENTOS EM NORMATIVAS DA USP: A USP e a sociedade: o funcionamento da USP, englobando principais estruturas e objetivos; a USP no contexto do desenvolvimento nacional; a vida universitária brasileira e sua relação com a sociedade contemporânea. Estatuto, Regimento Geral e Código de Ética da Universidade de São Paulo: Resolução nº 3.461/1988, com as alterações vigentes até a publicação do Edital; Resolução nº 3.745/1990 , com as alterações vigentes até a publicação do Edital; Resolução nº 4.871/2001 , com as alterações vigentes até a publicação do Edital. Resolução nº 4.871/2001. Resolução nº 4.871/2001.
MATEMÁTICA: Sistemas numéricos: divisibilidade e fatoração de números inteiros, números racionais e reais; potências e raízes; valor relativo e absoluto; funções polinomiais do 1º e 2º graus; funções trigonométricas; funções exponenciais e logarítmicas; gráficos, equações e inequações; progressões aritméticas e geométricas; análise combinatória; problemas de contagem; análise de dados (representações gráficas, diagramas, tabelas); médias aritméticas, ponderadas e geométricas; porcentagem; regra de três; juros simples e compostos; probabilidade; cálculo de comprimentos; distâncias; perímetros; áreas e volumes; raciocínio lógico; noções de estatística.
Conhecimentos Específicos
(Totalmente de Acordo com Edital 2024)
1. Bioinformática aplicada à genômica médica: demultiplexing, controle de qualidade, alinhamento, genotipagem SNV/ CNV (somática/germinativa), anotação, priorização alélica. 2. Aplicação de ferramentas comerciais (Franklin|Emedgene) para processamento, priorização e classificação de variantes alélicas 3. Linguagem BASH. 4. Uso e interpretação de bases de dados genômico- -populacionais (gnomAD, ABrAOM, DECIPHER). 5. Fundamentos em Bioinformática, Biologia computacional e Biologia de sistemas 6. Fundamentos da Genômica: técnicas de sequenciamento de nova geração (NGS). 7. Re-sequenciamento de genoma: alinhamento de leituras em genoma de referência, identificação de variação genética (SNPs e variações estruturais), predição do efeito das variações genéticas. 8. Genotipagem: Estratégia para geração de dados, incluindo sequenciamento reduzido, genotipagem, análise de dados de genotipagem, associação genômica ampla, imputação de dados de genotipagem, seleção genômica. 9. Novos genomas: Estratégias de construção de bibliotecas e sequenciamento, montagem de genoma de novo, anotação de genomas. 10. Metagenoma: Estratégias de construção de bibliotecas e sequenciamento de DNA, montagem de genomas, anotação e quantificação. 11. Metabarcoding: Estratégias para construção de bibliotecas e sequenciamento, correção de erros, classificação de sequencias, abundância diferencial e limitação dos métodos. 12. Transcriptoma: Estratégias de construção de bibliotecas e sequenciamento RNA total, RNA mensageiro, microRNA e RNA não codificante longo, montagem de novo de transciptoma, alinhamento contra genoma de referência, quantificação de expressão gênica, identificação de SNPs, predição de efeito das mutações, anotação funcional, expressão diferencial, enriquecimento funcional, redes de Co-expressão gênica. 13. Epigenoma: Estratégias de construção de bibliotecas e sequenciamento para estudos de metilação, ATAC-Seq, Chip- -Seq, mapeamento das leituras, identificação e anotação de regiões regulatórias e identificação de regiões diferencialmente reguladas. 14. Integração de dados ômicos: estratégias de redução de dimensionalidade, estudos de correlação de dados ômicos, eQTLs. 15. Métodos e ferramentas de análise estatística em Bioinformática 16. Técnicas de machine learning 17. Linguagem de programação (R e Python) 18. Conhecimento de Linux, manutenção e atualização de servidor e instalação de programas. 19. Administração de sistemas Unix e redes de computadores 20. Fundamentos de programação em Python, R e Shell 21. Análise de dados de microbiomas e metagenomas 22. Estrutura e Replicação do DNA 23. Transcrição, Processamento de RNA e regulação da expressão gênica 24. Síntese de Proteínas (Tradução) 25. Estrutura dos genomas procariontes e eucariontes 26. Tecnologia do DNA recombinante e métodos de edição genômica 27. Métodos de extração e análise de ácidos nucleicos 28. PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) e PCR em Tempo Real 29. Mecanismos de herança: monogênico, multifatorial, mitocondrial. 30. Tipos de mutações e seus efeitos; métodos de detecção, correlações genótipo-fenótipo. 31. Identificação de genes associados a doenças mendelianas e complexas. 32. Sequenciamento massivo paralelo (Next Generation Sequencing) e interpretação do significado de variantes. Diagnóstico de doenças por sequenciamento de genomas completos e exomas. 33. Polimorfismos genéticos e variação entre genomas. 34. Estratégias de identificação de genes relacionados a doenças mendelianas. 35. Riscos de ocorrência e recorrência de doenças, síndromes ou defeitos causados por mecanismos monogênico e oligogênico. 36. Diretrizes de classificação de variantes alélicas: ACMG|AMP (SNV/CNV); Oncogenicity Guidelines (ClinGen|CGC|VICC); ClinGen SVI General Recommendations.
Conhecimentos em estatística básica: Entrada de dados em planilhas. Princípios de programação no SAS, recodificação de variáveis, limpeza de dados e preparação para análise estatística. Análise descritiva de dados com medidas de tendência central, confecção e interpretação de gráficos (histograma, box-plot, gráfico de barras e de dispersão). Identificação de distribuição normal e escolha de métodos paramétricos e não paramétricos. Emprego e interpretação de teste t, ANOVA (one-way e two-way) com análise de resíduos, e testes não paramétricos de Mann-Whitney, Kruskal-wallis, Wilcoxon e Friedman). Bibliografia sugerida: Martinez E Z. Bioestatística para cursos de graduação da área da saúde. São Paulo, Ed. Blucher, 2015. Bussab O. W, Morettin P A. Estatística Básica. São Paulo, Ed.Saraiva, 2017.
Conhecimentos em informática Programa: Competências relacionadas ao uso do Word, PowerPoint.